Предприятия, для которых установлены предельно-допустимые выбросы, должны организовать систему контроля за соблюдением ПДВ. Основными при контроле выбросов вредных веществ в атмосферу должны быть прямые измерения. Использование расчётных методов допускается на тех источниках, выбросы которых определены расчетным методом по методикам, разрешенным к применению.
Контроль источников, выбросы от которых определены расчетными методами необходимо осуществлять 1 раз в год вне зависимости от определения категории, что связано с обеспечением достоверности расчетов платы за выбросы в атмосферу.
Регулярность проведения контроля инструментальными методами прописаны в проекте предельно допустимых выбросов.
Контроль за выбросами вредных веществ осуществляется самим предприятием или путём привлечения сторонних специализированных организаций.